Dịch vụ Research Gateway – Tăng tốc hệ gen và điện toán hiệu suất cao

Research Gateway là gì?

Research Gateway là một cloud-base self-portal, dành cho các trường đại học và cơ sở nghiên cứu.

Để thúc đẩy nghiên cứu và phát triển vượt ra ngoài khuôn khổ một khu vực một cách trơn tru, cần phải đáp ứng được những nhu cầu cụ thể của những người tham gia nghiên cứu. Việc sử dụng dữ liệu mở (như dữ liệu mở trên AWS) trong lĩnh vực nghiên cứu cũng là một nhu cầu quan trọng đối với các dự án nghiên cứu chung trong và ngoài trường học.

Cộng đồng nghiên cứu khoa học, bao gồm các nhà nghiên cứu và chủ nhiệm đề tài, muốn tập trung vào nghiên cứu mà không phải lo lắng về cơ sở hạ tầng, bảo mật, quyền riêng tư dữ liệu, và quản trị. Các đội ngũ IT của đại học và cơ sở nghiên cứu muốn kiểm soát chặt chẽ việc sử dụng ngân sách, theo dõi chi tiêu ngân sách đã được phê duyệt, và thực hiện phân tích dữ liệu an toàn. Từ đó, công ty Relevance Lab đã phát triển Research Gateway để đáp ứng nhu cầu của các nhà nghiên cứu nêu trên. Ứng dụng này tập trung vào việc tiết kiệm chi phí, dễ dàng triển khai, và thiết lập đơn giản.

Ngoài ra, ngay cả khi không có kiến thức nhiều về AWS Cloud, bạn cũng có thể sử dụng AWS một cách dễ dàng mà không cần chi phí thử nghiệm hay tùy chỉnh các dịch vụ.

Khả năng của Research Gateway

Research Gateway được cấu hình với kiến trúc như sau.

Quản lý chi phí

Có thể quản lý chi phí, giám sát các dự án, nhà nghiên cứu, sản phẩm, và qui trình công việc bằng cách sử dụng AWS Budgets và AWS Cost Explorer.

Guard rail

Guard rail được triển khai ở cấp độ dự án, cho phép dừng tạm thời hoặc kết thúc dự án khi vượt quá ngân sách dự án.

Sử dụng public dataset

 Có thể sử dụng S3 để gắn genomics dataset cho dự án. Theo mặc định, khách hàng có thể truy cập vào các public dataset được lưu trữ AWS open data sponsorship program.

Tái sử dụng dataset

Có thể chuyển dataset lớn từ on-premise bằng Data Sync hoặc tải lên tệp bằng giao diện kéo và thả.

Genomic workflow

Có thể sử dụng Genomic workflow để phân tích thứ cấp sử dụng các open source framework engine (Cromwell và Nextflow) và các Partner solution (NVIDIA Parabricks và Illumina DRAGEN).

Phân tích bằng ML

Có thể thực hiện phân tích dựa trên ML sử dụng các dịch vụ tích hợp Genomics Data Lake, RStudio, và Amazon SageMaker. Giảm thời gian nghiên cứu bằng cách chọn các quy trình nf-core và GATK thường dùng được cấu hình sẵn để chạy trên AWS Batch.

Cách sử dụng Research Gateway

Đây là giao diện sau khi đăng nhập vào portal.

Nhập thông tin tài khoản AWS và bắt đầu sử dụng.

Tham khảo:

1.【大学・研究機関向け】Research Gatewayサービスについて | SunnyCloud
2. Link to marketplace